經(jīng)過(guò)20世紀80年代海運體制的改革和國際海運市場(chǎng)的開(kāi)放，在海運經(jīng)濟中政府力量收縮，市場(chǎng)力量擴大。進(jìn)入90年代以后，政府職能進(jìn)一步調整，政府作用的重點(diǎn)在于對FBA頭程海運經(jīng)濟的宏觀(guān)調控而市場(chǎng)體系進(jìn)一步完善，市場(chǎng)對海運經(jīng)濟初步發(fā)揮資源配置的基礎性作用。

關(guān)于政府的作用

在亞馬遜頭程海運市場(chǎng)開(kāi)放十余年之后，市場(chǎng)的盲目性和滯后性逐漸凸顯，中國政府通過(guò)對運力和港口進(jìn)行調控，降低市場(chǎng)失靈對海運經(jīng)濟帶來(lái)的損失程度。在該時(shí)期，中國政府改變以往直接干預海運企業(yè)微觀(guān)具體的管理和生產(chǎn)的做法，轉向“抓大放小”，僅直管數家大型企業(yè)，將工作重心轉移到全行業(yè)的管理之上，這有利于中國行業(yè)競爭力的增強，以及為國際海運業(yè)市場(chǎng)化的順利推進(jìn)提供保障。除此之外，政府對于FBA頭程海運市場(chǎng)的統一與開(kāi)放發(fā)揮不可替代的作用。

第一，在國際海運市場(chǎng)統一方面。兩岸三通既是中國的重大政治事件，也是海運事業(yè)的重大事件。

在該時(shí)期，兩岸的經(jīng)濟增長(cháng)率都很高，雙方的貿易關(guān)聯(lián)度也越來(lái)越高，潛在的國際海運量巨大，只因政治的藩籬割裂了兩岸的航線(xiàn)。自1979年起，中國政府一直推進(jìn)海峽兩岸的海運通航事業(yè)。由于臺灣當局在FBA海運方面仍實(shí)行“三不”政策（不接觸、不談判、不妥協(xié)），中國大陸與臺灣地區不能直接通航。在此背景下，兩岸的海運一般通過(guò)兩種途徑解決：第一，臺灣地區與中國大陸之間的進(jìn)出口業(yè)務(wù)以三角貿易形式進(jìn)行，且必須經(jīng)由第三地港口轉運，日本、韓國和中國香港成為中國臺灣地區與中國大陸貿易主要的中轉地；第二，中國臺灣地區和中國大陸的頭程海運企業(yè)將船舶移籍國外成為方便旗船，交由國外公司經(jīng)營(yíng)，此類(lèi)船舶均可以停靠中國臺灣地區和中國大陸的港口。

長(cháng)期以來(lái)，以第一種方式為主，第二種方式較少采用，中國遠洋運輸公司曾將部分船舶交付給注冊在巴拿馬、馬耳他和塞浦路斯等方便旗大國的公司使用，由設立在中國香港的著(zhù)名公司如Para-kou,TatOn和YiekFung來(lái)經(jīng)營(yíng)管理。90年代中國大陸的目標是海峽兩岸“雙向直航”。在海峽兩岸的共同努力下，海峽兩岸定點(diǎn)直航取得了重大突破，1997年4月19日福建省廈門(mén)輪船總公司的一艘掛圣文森方便旗的輪船從廈門(mén)開(kāi)往高雄；4月24日，臺灣立榮國際海運公司的一艘輪船從高雄駛向廈門(mén)，標志兩岸定點(diǎn)直航雙向開(kāi)通。此次的定點(diǎn)直航僅局限于國際貿易中轉的集裝箱運輸，在此之后中國政府堅持不懈地破除種種限制，為實(shí)現兩岸無(wú)障礙直航努力。